Mỗi loại phytochemical, thực phẩm khác nhau thì cần những cách chế biến thực phẩm phù hợp để bảo tồn. Đa số các chất phytochemical trong các loại nông sản vừa thu hoạch có thể bị phá hủy hoặc bị loại bỏ bằng các công nghệ chế biến hiện đại như xử lý ở nhiệt độ cao như nấu ăn[7] Vì vậy

• Các loại thực phẩm chế biến sẵn theo công nghiệp (thực phẩm đóng hộp, bọc) có thể chứa các phytochemical ít hơn và do đó có thể ít có lợi ích hơn so với các loại thực phẩm chưa qua chế biến (thực phẩm tươi ngoài chợ). Sự vắng mặt hoặc thiếu hụt các chất phytochemical trong thực phẩm chế biến sẵn có thể góp phần làm tăng nguy cơ các bệnh truyền nhiễm.[8][9]
• Đa số các thực phẩm chứa phytochemical nên được ăn sống hoặc lấy nước ép sống hơn là nấu chín (luộc) như: củ dền đỏ có chứa betaine, sắc tố betalain, betacyanin, bông cải xanh hấp sơ (lightly steam) tốt hơn nấu chín.

Cũng có ngoại lệ như Lycopene, không những không bị phá hủy,[10], mà nồng độ càng tăng (cô đặc thêm), giúp cơ thể có thể dễ dàng hấp thu và hoạt tính sinh học xuất hiện [11] khi đã qua chế biến như nấu cà chua với một ít dầu, hoặc chế biến thành cà chua cô đặc (tomato paste).